由於，沈萬三歸根結底只是元末明初的一個民間商人，〈明史〉等正史不可能專門為他立傳。因此，關於沈萬三，是民間傳說多過歷史記載，戲說多過信史，縈繞在他身邊的，有著種種謎團揮之不去，上一篇，我們討論了他的財產來源，這一篇我們除了討論他的下場外，也略為說說他的名字與出生之謎。沈萬三其實不叫沈萬三，近代歷史學者的考證是關於沈萬三的名字，存在著三種爭議，一說因為他財富多如山積，所以謂其為沈萬山，孔邇〈雲焦館記談〉，蔣一葵〈長安客話〉等資料中皆持此說。
二說，因為沈萬三排行第三，所以呼之為萬三，明楊循吉〈蓬軒別記〉等資料認同此說。第三種說法則指出，沈萬三並非一般姓名，而是種稱謂，是對富豪巨賈的一種敬稱。經過考證，證實了第三種說法，可能性很高，沈萬三的真名叫做沈富，字仲榮，而稱沈萬三的原因是明代初年沿襲元代的制度，將老百姓分為哥﹑畸﹑郎﹑官﹑秀五等，秀為最上等，而「秀」中又按照財產再次分等，富者，謂之萬戶而沈富在「萬戶」中排在第三等，故簡稱沈萬三。沈萬三的弟弟，沈貴則由於富裕程度略遜哥哥，被人們稱為沈萬四。
而沈富的出生，根據南京大學，原中國思想家研究中心副主任潘群教授所研究：「在歷史上，沈萬三從來就沒有在南京生活過，潘群根據沈萬三親侄沈漢杰的《沈漢杰墓志銘》等可靠史料指出，沈萬三是吳興南潯人，他和弟弟沈萬四先後遷居長洲東蔡村、北周莊，直到現在的周莊，沈萬三兄弟在周莊客居的時間最長，直到洪武15年，沈家獲罪被流放雲南為止。」。
最後我們來談談沈萬三，他到底是被朱元璋怎麼「處理」了，是被流放，還是被殺害了，還有假設他被流放，到底被流放到哪裡，也是個謎，先看看一些相關的記載：「《明史》‧馬皇后傳：『妾聞法也者，所以誅不法也。非所以誅不詳，民富俟國，民自不詳爾，夫不詳之民，天有有之，於國法何予焉。乃釋秀，戍雲南』，〈挑燈集異〉裡說：「高皇時，流竄嶙南。鈔其家，得聚寶盆，瘞之金陵城下，因名其門曰：『聚寶門』」。註：今南京中華門。
又〈蓬軒筆記〉記載，沈萬三因兒子被定為「藍黨」，從而「發遼陽從戍」，且〈五雜俎〉也有「因事適遼陽」的說法，在〈蕉舘紀談〉則全盤否定流放說：「萬三築蘇州街，以茅山石為心。上謂其有異謀，遂收殺之。以兵圍其家，盡抄摘之。」也就是說死於非命……這種類似傳說有許多。
這四種說法，全都有可議之處，第一種戍雲南，最不可能，因為明軍克復雲南全境，乃在洪武十四年 其時，這位「豪富」早已不在人世，所以雖〈明史〉為正史，但是仍可議，除非改為充軍打仗，還牽強的過……第二種我們很難相信這聚寶盆的部分，也許有，但是僅一高貴的盆子，應無其複製金銀的功能吧！（除非倪匡小說成真），第三、四皆有可能性，但是必須認定這是朱元璋的藉口，所以～我們可以得到一點點的推測，就是若為流放，應非雲南，而為遼陽等從戍，否則則是被找藉口殺掉了，只是欲加之罪，何患無詞啊！
後來補記：
如說沈萬三是位大商人，不如說是位大地主！因爲在他發迹的年代裡，猶如陳高華先生於〈沈萬三與藍玉黨案〉文中所说：「元、明之際，社會動蕩，兵亂頻仍，大規模海外貿易很難進行。入明以後，朱元璋很快便實行禁海政策，不許百姓出海貿易，走私是海外貿易的惟一途徑。沈萬三所居周莊，位於長江口內，離海甚遠，要想出海走私，很容易被發現捕捉。因此，沈萬三經營海外貿易，揆之當時情況，是講不通的」。至於沈萬三之流放雲南，更是不可能的事情，明軍克復雲南全境，乃在洪武十四年，其時，這位豪富早已不在人世，這點上面有提過。
